当前我国部分高校存在专利数量虚高、质量差、价值低等问题，造成专利支出高、回报少，使高校专利申请运营陷入入不敷出的窘境。
高校科技成果大多学术属性强、技术属性弱，更多表现为论文、专著形式的公共知识产品，较少表现为具有商业价值的高质量专利，世界一流大学也不例外。根据北美大学技术经理人协会(AUTM)2018许可行为调查报告，加州理工学院专利申请252件，授权182件;哈佛大学专利申请250件，授权182件;麻省理工学院专利申请455件，授权360件。
相比之下，我国高校专利申请数量虚高较为明显。教育部、科技部编著的《中国普通高校创新能力监测报告2019》显示，2008—2017年我国高校累计申请专利166.7万件。以西南交通大学(以下简称西南交大)为例，2010—2019年共申请专利10401件，其中发明专利和实用新型专利占比98.5%。
我国高校专利大多难以进入市场转化，不能带来回报，导致申请与运营之间出现断层。西南交大从2016年职务科技成果权属改革至今，现有5000件有效专利中只有210件(占比仅4.2%)经分割确权后评估作价入股进行了转化。不难发现，这些专利本身的价值较低。
2010—2019年，西南交大的专利费用支出高达3078万元，包括申请费1799万元、维持费187万元、奖金支出1092万元。与高支出形成强烈对比的是低回报。西南交大专利转让、许可共计58项，收入仅921万元，而58项专利中80%的专利仅以数万元甚至数千元低价交易，支出高、回报少，入不敷出。
目前，我国高校专利的申请、管理和运营主要由高校科研管理部门(科学技术研究院、科技处等)负责，而这些部门将专利当作科研指标进行管理，将专利申请量当作高校争取科研排名的一项指标，形成了大量的指标专利。相比每年1000～2000件申请量、累计上万件的专利，一些高校只有1～2名科研管理人员负责。事实上，高校科研管理部门属于非营利行政部门，对专利进行商业化运营的能力和动力均不足。
为彻底破解高校专利申请运营的困境，需要回归专利申请运营的商业本质，从根本上改变高校专利申请运营的动力。一方面应把专利交由商业化机构而不是科研管理部门运营，另一方面要通过专利申请前分析评估，从源头上提高专利质量。
一是建议高校设立商业化专利运营机构，为后续的高质量专利培育和运营打好基础。专利申请与保护的目的是实现其市场价值。专利运营是将专利变成钱的商业行为，是专业度极高的商业性工作，不但需要理解技术，还需要具备专利、法律等专业知识以及信息分析利用等实战经验。而高校科研管理部门属于非营利行政部门，专利管理人员也不具备相关专业知识和实战经验。因此，有必要在高校内设立商业化的专利运营机构，聘请具有实战经验的专业人员，将不具有商业价值的申请“拒之门外”，给有商业价值的申请“广开门路”。
二是建议政府科研项目立项和验收对专利申请不做强制要求。政府科技计划项目常将专利申请量作为验收标准，滋生了较多以项目结题为目的的指标专利。例如，《四川省科技计划项目验收管理办法》规定，验收材料包括“与项目成果有关的科研数据、技术资料、知识产权(专利、商标、著作权、论文等)、技术标准等”，高校职务发明人为顺利验收而申请了许多专利，但项目结题后这些专利便束之高阁了。应鼓励科研人员以转化实施为目的申请专利，而不是仅用于项目结题。对于实行了“赋予科研人员职务科技成果所有权或长期使用权”改革的高校，科研人员不会放弃有价值专利的申请。目前，教育部、国家知识产权局、科技部已经出台相关政策，要求停止对专利申请的资助奖励，大幅减少并逐步取消对专利授权的奖励，以遏制高校指标专利的增长。但对于政府科技项目立项和验收的改革，许多地方政府科技主管部门一直在考虑出台不对专利申请提出强制要求的政策，但尚未有实际行动。
三是建议将国家大学科技园公司转型为知识产权运营公司，代替科研管理部门申请、管理、运营专利。在高校剥离校办企业的背景下，高校原则上不能新办企业。以上海交通大学为例，为了能够对专利进行商业化运营，在资产经营公司、国家大学科技园公司因为风险不愿运营专利的情况下，不得不向教育部特别申请设立知识产权管理运营公司，但该模式在其他大学难以复制推广。最可行的方案是将国家大学科技园公司转型为集知识产权申请、运营、作价入股为一体的知识产权运营公司，西南交大已经开始尝试开展专利申请前评估、申请中布局以及申请后维护运营、作价入股等全链条服务，用公司化运作代替行政化管理，回归高校专利申请和运营的商业本质，脱离学术考评体系，杜绝不计成本和代价追求专利数量。
科技成果转化本是国家大学科技园的主要职责，而知识产权运营与科技成果转化一脉相承、密不可分。转型后的国家大学科技园公司替代高校科研管理部门开展专利的管理、运营工作。国外的一些高校采用TTO(技术转移办公室)模式负责专利的申请与运营，而TTO的运行完全独立于高校的科研管理机构。为此，建议鼓励40家“赋予科研人员职务科技成果所有权或长期使用权”试点单位中的高校率先试点，将国家大学科技园公司从资产经营公司中剥离出来，转型为知识产权运营公司，与资产经营公司从下属关系转为平行关系，且不对国家大学科技园公司做保值增值要求，不纳入财政部经营性资产监管体系。因为一旦纳入经营性资产监管体系，国家大学科技园公司将回避高风险的专利运营活动。为获取必需的运营资金，应鼓励国家大学科技园公司积极引进地方政府资本金和科技资金，以项目成功后落户创业公司为回报，彻底解决高校专利运营问题。
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